При Інституті сільськогосподарської мікробіології та агропромислового виробництва НААН з 2 січня 1999 року організовано підготовку наукових кадрів через аспірантуру. Тривалий час (до 2016 р.) підготовка аспірантів проводилася за спеціальністю 03.00.07 – мікробіологія (сільськогосподарські науки), а з 2016 р. Інститут отримав ліцензію щодо здійснення освітньої діяльності на третьому (освітньо-науковому) рівні вищої освіти з підготовки доктора філософії за спеціальністю 201 – Агрономія (галузь знань – Аграрні школи під керівництвом провідних учених).Так, потужна наукова школа сформувалась під керівництвом доктора сільськогосподарських наук, професора, академіка НААН, Заслуженого діяча науки і техніки України, лауреата Державної премії України в галузі науки і техніки Віталія Волкогона. Серед питань, які досліджуються під керівництвом Віталія Васильовича – поєднання дії інтродукованих в агроценози мікроорганізмів і мінеральних добрив з метою оптимізації перебігу ґрунтових процесів та збільшення коефіцієнтів засвоєння біогенних елементів сільськогосподарськими культурами; оптимізація взаємодії мікроорганізмів та фітогормонів при утворенні рослинно-мікробних асоціацій та розробка технологій виготовлення комплексних мікробних препаратів землеудобрювальної дії на основі високоефективних мікроорганізмів та оптимальної для рослин кількості фітогормонів; розробка технологій керованого біокомпостування органічної речовини за використання селекціонованих мікроорганізмів.
Під керівництвом Віталія Васильовича 12 здобувачів закінчили аспірантуру, серед них 9 аспірантів успішно захистили кандидатські дисертації, що становить 75 %. Серед наукових кадрів, підготованих Віталієм Волкогоном, – завідувач лабораторії ґрунтової мікробіології Світлана Дімова. Завдяки науковому консультуванню Віталія Васильовича успішно захищена дисертація на здобуття ступеня доктора сільськогосподарських наук завідувачем лабораторії фізіології мікроорганізмів Сергієм Козаром. Це свідчить про високий методичний рівень організації науково-дослідної роботи та вміння передати молодим науковцям жагу до знань, критичне мислення і розуміння засад мікробіологічних процесів, які відбуваються в ґрунті.
На сьогодні під керівництвом Віталія Васильовича 4 здобувачі третього рівня вищої освіти проходять шлях здобуття наукового ступеня доктора філософії. Аспіранти працюють над дослідженням наступних наукових проблем: ефективність мікробних препаратів за органічного виробництва сільськогосподарської продукції; біологічна модифікація мінеральних добрив як засіб підвищення їх ефективності при вирощуванні картоплі; особливості отримання та ефективність біоорганічного добрива на основі курячого посліду.
Щиро вдячні Віталію Васильовичу за наполегливу та плідну працю у підготовці наукових кадрів!
