1. Адміністративне управління
2. Група бухгалтерського обліку
3. Лабораторія рослинно-мікробних взаємодій
4. Лабораторія ґрунтової мікробіології
5. Лабораторія екології ґрунтових мікроорганізмів
6. Лабораторія фізіології мікроорганізмів
7. Лабораторія вірусології
8. Лабораторія пробіотиків
9. Відділ наукового забезпечення агропромислового виробництва
10. Відділ економіки, інтелектуальної власності, маркетингу інновацій та організації підготовки наукових кадрів
11. Господарський відділ
